ModSecurity проверяет не то имя файла, которое видит бэкенд
ModSecurity разбирает составные запросы загрузки файлов иначе, чем приложение за ним. Фильтр смотрит на одно имя файла, а бэкенд берёт другое. Расширение, которое прошло проверку, и расширение, с которым